Historická Trnavská univerzita (TU) je jedna z najstarších univerzít na Slovensku. Trnavská univerzita bola založená v roku 1635 kardinálom Petrom Pázmaňom. Mala 4 fakulty: filozofickú, teologickú, právnickú a lekársku. Univerzita sa stala známou aj vďaka hvezdárni, ktorú založil rektor František Borgia Kéri, univerzitnou knižnicou, tlačiarňou a záhradami. Historická Trnavská univerzita pôsobila v Trnave 142 rokov. V roku 1777 bola presídlená do Budína, do centra Uhorska.

Slovenská národná rada obnovila k 25.3.1992 Trnav­skú univerzitu zákonom č. 191/1992 a znovu otvorila k 1.7.1992. A­kademický senát TU zriadil 1.9.1992 Fakultu humanistiky (FH) a Pedagogickú fakultu (PdF). Fakulta ošetrovateľstva a sociálnej práce (FOSP) bola založená v roku 1994. V roku 1998 sa zmenil názov tejto fakulty na Fakultu zdravotníctva a sociálnej práce. Pedagogický Inštitút sv. Ondreja v Ružomberku stal sa súčasťou TU, z ktorého vznikla v školskom roku 1996/97 Katecheticko-pedagogická fakulta sv. Ondreja. Táto fakulta prešla od 1.11.1997 do zväzku Žilinskej univerzity v Žiline. Teologický Inštitút sv. Alojza SJ (zriadený rektorom TU 1.9.1994) stal sa súčasťou TU, z ktorého bola 23.10.1997 zriadená Teologická fakulta TU so sídlom v Bratislave. 1.10.1998 bola zriadená Právnická fakulta TU. Prvý rektor znovu zriadenej TU bol prof. RNDr. Anton Hajduk, DrSc. (15.5.1992–21.10.1996). Terajším rektorom je prof. doc. JUDr. Marek Šmid, PhD..

Trnavská univerzita sa hlási k princípom Veľkej Charty európskych univerzít, ktoré obhajujú pre univerzity ich plnú nezávislosť od politickej a ekonomickej moci, ich slobodu uskutočňovať výskum a vyučovať. Trnavská univerzita obhajuje kresťanské princípy, chce chrániť morálne a duchovné hodnoty, vychovávať v duchu ekumenizmu, spolupracovať s univerzitami, výchovnými a vedeckými ústavmi v Slovenskej Republike a v zahraničí. Trnavská univerzita nadviazala kontakty nielen s univerzitami v SR, ale aj s 13 univerzitami v zahraničí (v Českej republike, Nemecku, Veľkej Británii, Taliansku, Švédsku, USA, Poľsku, Maďarsku) s ktorými sa vyvinula spolupráca na dobrej úrovni.